Osmanlı İmparatorluğunda 18. yüzyıla kadar eğitim, mahalle mektebi, medrese gibi klâsik eğitim kurumlarında yapılmıştır. Ancak, 18. yüzyılda askeri yükseköğretim kurumlarıyla modern eğitim hayatı başlamıştır. 19. yüzyılda düzensiz bir biçimde ilköğretim alanında sıbyan mektepleri ortaöğretim alanında rüşdiye (ortaokul) idadi (lise) ve sultanî (lise+yüksekokul) olmak üzere çeşitli modern eğitim kurumları kurulmuştur. Kurulan ilk askerî idadî Kuleli Askerî İdadisi (1845) ilk öğretmen okulu Darülmuallimin (1848) (Çapa'daki Öğretmen Lisesi) ve ilk Sultanî Galatasaray Sultanisi (1868)'dir. Modern yükseköğretim kurumları ise Mülkiye Mektebi, Hukuk Mektebi ve Tıbbiye Mektebi gibi bağımsız okullardı.

Düzensiz olarak kurulan modern eğitim kurumları, 1869 yılında Maarif Nazırı Ahmet Cevdet Paşa döneminde hazırlanan Maarif-i Umumiye Nizamnamesi ile bir sisteme bağlanmıştır. Bu nizamnameye göre modern eğitim kurumları; ilköğretim, ortaöğretim ve yükseköğretim olmak üzere üç kademede yapılandırılmıştır. İlköğretim kurumları mahalle ve sıbyan mektepleri, yükseköğretim kurumu ise Darülfünun olarak belirlenmiştir. Ortaöğretim kurumları ise rüşdiye, idadi ve sultani olmak üzere üç türde yapılandırılmıştır. Bu günkü lise türünün tam karşılığı olan okul türü, idadilerdir. "Ana dille öğretim yapılan ilk mülkiye lisesi (Sivil Lise) ",1872 yılında Mekteb-i Mülkiye'nin bünyesinde idadi sınıfları olarak kurulan bugünün Vefa Lisesi'dir.

İDADİ – SULTANİ – LİSE

Mekteb-i Mülkiye'nin bünyesindeki idadi sınıfları, Mekteb-i Tıbbiye ve Mekteb-i Hukuk gibi yüksek öğretim kurumlarının bünyesindeki idadi sınıflarıyla birleşmiş ve 1886 yılında  Dersaadet İdadi-i Mülki-i Şahanesi adıyla bağımsız bir okul haline gelmiştir. Bu okul,  Sadrazam Mütercim Rüştü Paşa tarafından yaptırılıp daha sonra Gazi Ahmet Muhtar Paşa'ya satılan binanın (bugünkü Orta Bina) Maarif Nezareti'nce satın alınmasından sonra Vefa'ya  taşınmıştır. Okul, 1900 yılında bulunduğu semtten dolayı Vefa İdadi-i Mülki-i Şahanesi adını almıştır.

Okul, 1913-1914 öğretim yılında Vefa Mekteb-i Sultanisi adıyla sultani statüsüne çıkarılmıştır. Bu dönemde okul, bünyesinde ilkokul, ortaokul ve lise bölümleri bulunan 12 yıl öğrenim sürekli bir eğitim kurumu haline gelmiştir. 1924 yılında Tevhid-i Tedrisat Kanunu'nun kabulüyle, okul, diğer bütün idadi ve sultanilerle birlikte Lise adını alarak Vefa Erkek Lisesi olmuştur. Okul 1925 yılından sonra bazı liselerle birlikte ortaokula dönüştürülmüş ve Kadırga'daki Eczacılık Okulu binasına taşınmıştır.  Okul burada Vefa Orta Mektebi adıyla 1933′e kadar eğitim yapmıştır.

1933 yılında 300′ün üzerinde Vefa Lisesi mezununun girişimi ve yine mezunumuz o zamanki Cumhurbaşkanlığı Genel Sekreteri Kemalettin Gedeleç'in desteğiyle okul yeniden lise statüsüne kavuşmuş ve Vefa'daki tarihi binasına dönerek Vefa Erkek Lisesi adıyla öğretimine devam etmiştir. Okulun bünyesinde, Anadolu Lisesi statüsüne geçtiği 1990 yılına kadar, hem ortaokul, hem de lise kısmı yer almıştır.

Uzun süre sadece Mütercim Rüşdü Paşa Konağı'ında öğretim yapan Vefa Lisesi 1937 yılında Yüksek Öğretmen Okulu binası olarak kullanılmaya başlanan üst bahçedeki binanın bu okulun 1949 yılında Çapa'ya taşınması üzerine devri ile kapasitesini arttırarak iki binada öğretime başlamıştır. Ayrıca alt bahçedeki pavyonlarda okulun spor, kültür etkinlikleri ile fen laboratuarları yer almıştır. 1950′li yılların sonlarına doğru değerli mezunlarımızdan merhum Necip Akar, üst bahçedeki Şehzade Mehmet Tabhanesi'ni Kimya Laboratuarı olarak düzenleyerek hizmete sokmuştur.

Yüksek Öğretmen Okulundan devrolan binanın üst katında 1959 yılında  Erkek Öğrenci Pansiyonu da açılmıştır. Bu pansiyonda öğrenci mevcudu zamanla 300′e kadar çıkmıştır. 1970′li yıllardaki anarşik olaylar nedeniyle Pansiyon 12 Eylül 1980′de kapatılmış, ancak 1984′te yeniden düzenlenerek Kız Öğrenci Pansiyonu olarak açılmıştır.

İLK AKŞAM LİSESİ

1958 yılında Vefa Lisesi'nin bünyesinde İstanbul'un İlk Akşam Lisesi açılmıştır. Vefa Akşam Lisesi adıyla öğretim yapan bu lise Pertevniyal Lisesi'ne aktarıldığı 1978 tarihine kadar beş bin civarında mezun vermiştir. Bu mezunlar içinden bakan, milletvekili, sanatçı, bilim adamı ve işadamları yetişmiştir.

Okul binalarının yetersizliği nedeniyle alt bahçedeki pavyonlar kaldırılarak yerine 1967 yılında yeni bir okul binasının yapımına başlanmış ve iki yılda tamamlanan bu bina 1969-1970 öğretim yılında hizmete girmiştir.

Bu arada harap duruma düşen Mütercim Rüşdü Paşa Konağı öğretime kapatılmıştır. Bu bina,  onarıma alınmış ve 1984 yılında yeniden Vefa Lisesi'nin öğretimine kazandırılmıştır.

ANADOLU LİSESİ

1970′li ve 1980′li yıllarda Vefa semti sakinlerinin birer birer semtten ayrılmaları ve bunların yerine işyerleri ve işçi pansiyonlarının açılması semtte öğrenci potansiyelini tamamen yok etmiş, okul İstanbul'un çeşitli semtlerinden öğrencilerin geldiği karma bir okul durumuna düşmüştür. Bunun üzerine mezunların 1989 yılında kurduğu Vefa Vakfı'nın kurucu başkanı merhum Ulaştırma Bakanı Cengiz Tuncer'in çabalarıyla okulun statüsü Milli Eğitim Bakanlığınca  Anadolu Lisesi'ne dönüştürülerek adı Vefa Anadolu Lisesi olmuştur.

Mezunların isteği ve okul yönetimi ile öğretmenler kurulunun uygun görmesi üzerine 2001 yılında, okulun statüsü değiştirilmeden, adındaki "Anadolu" kelimesinin çıkartılarak tarihi adına dönülmesi Milli Eğitim Bakanlığına teklif edilmiştir. Bakanlık bu teklifi derhal değerlendirerek okulumuzun adını tekrar Vefa Lisesi'ne dönüştürmüştür.

Bu arada okulun iki tarihi binası (Pansiyon ve Mütercim Rüşdü Paşa Konağı) 17 Ağustos 1999 depreminde hasar görerek öğretime kapatılmıştır.  Uğur Dündar ve Devlet Bakanı Recep Önal'ın girişimleri ile İMKB'nın büyük maddi katkısı sağlanmış, eksik kalan kısmı da Bakanlığımızca tamamlanarak 2000 yılında Pansiyon binası, 2001 yılında da  Mütercim Rüştü Paşa Konağı hizmete girmiştir. Bakanlıkla temasların yürütülmesinde değerli mezunumuz İstanbul Milletvekili Ahmet Güzel'in de katkıları olmuştur.

21. YÜZYILIN OKULU

Bu arada okulun iç fiziki görünümü ile eğitim donanımının yenilenmesi ve eğitim teknolojisindeki eksiklerin giderilmesi amacıyla okul müdürlüğünce hazırlanan "21. Yüzyıla Uyum Projesi" 4 Mayıs 2000 tarihinde Güneş Otel'de yapılan bir toplantı ile Vefalılar sunulmuştur. Proje Vefalılarca benimsenerek iki yıl içinde hayata geçirilmiştir. Bu projenin bu kadar kısa bir sürede hayata geçirilmesinde Vefa Lisesi Eğitim Vakfı'nın, Vefalılar Derneği'nin öncülüğünün ve organizasyonunun büyük rolü olmuştur. Böylece,  okul, fiziki anlamda çağ atlayarak kısa sürede 21. yüzyılın okulu olmuştur.

2005-2006 yılında Anadolu Liselerinin Hazırlık Sınıflarının kapatılarak bütün liselerin dört yıl öğrenim süreli okullar haline gelmesi üzerine, okulun yabancı dil ağırlıklı eğitiminin aksayacağı düşüncesiyle, okul statüsünün (Hazırlık+4 yıl) toplam beş yıl öğretim süreli Anadolu Lisesi olma girişimi   Bakanlığımızca kabul görmüş ve okulumuz 2006-2007 öğretim yılından itibaren bu statüdeki altı liseden biri durumuna gelmiştir.

2006 Haziranında yapılan Kemal Sunal Kültür ve Sanat Ödülleri Törenini onurlandıran İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Sayın Mimar Dr. Kadir Topbaş'a Okul Müdürlüğünce sunulan "Mültimedya Destekli Eğitim Projesi" kabul görmüş ve 2006-2007 öğretim yılında hayata geçirilmiştir. Bu durumda okulun tüm sınıf, atölye ve laboratuarlarına sabit projeksiyon makinesi takılmış  ve her öğretmene okulda kaldığı sürece eğitim amaçlı kullanmak üzere  birer  dizüstü bilgisayar sağlanmıştır.

Vefa Lisesi 148. yılında beş yıllık statüsü, modern sınıfları, eksiksiz eğitim teknolojisi, yeterli sosyal etkinlik alanlarıyla seçkin bir eğitim kurumu olarak öğretimini sürdürmektedir.